La oficina del SJM gestiona apoyos puntuales e interviene en procesos de Fortalecimiento Institucional en varios albergues que ya cuentan con un trabajo previo de asistencia humanitaria y defensa de derechos humanos de las personas migrantes, pero que necesitan de ayuda. Esto se realiza a través de convenios que se establecen preferentemente con Diócesis de la Iglesia Católica y que son de carácter temporal a mediano plazo.
Con la construcción de un modelo de atención propio y colectivizado con las coordinadoras, las hermanas de los Sagrados Corazones y con voluntarios de tiempo de las parroquias de la Foranía, se ha permitido atender a migrantes en sus necesidades y que estos recuperen las energías necesarias para continuar su travesía.
Actualmente también se tiene presencia en la organización, dirección y administración, de la mano con el área de migrantes de la Parroquia de Santo Niño de Atocha, en Frontera Comalapa, Chiapas, donde se gestiona el albergue para personas refugiadas “San Rafael”; el dormitorio para migrantes en tránsito “San José”; un centro cultural-educativo para la comunidad local y los migrantes que pasan o se quedan en el lugar; el comedor para personas locales en situación de vulnerabilidad y migrantes en tránsito “Comedor Papa Francisco” y la oficina de atención y acompañamiento jurídico-psicológico-humanitario.
Además desde junio de 2018, a partir de un convenio de trabajo con la Diócesis de Tula, Hidalgo, para acompañar la Pastoral Social y la Pastoral del Migrante, se tiene presencia del SJM en la organización y gestión conjunta del albergue para migrantes en tránsito en la localidad de Huichapan, Hidalgo.
